macOS High Sierra へアップデートすると，SSD が搭載されている端末ではシステムのボリュームのファイルシステムが自動的に HFS+ から APFS に変換されます．その他の HFS+ のディスクもディスクユーティリティを使って APFS に変換することが出来ますが，Time Machine に利用しているディスクを APFS に変換してはいけないようです．
更新: macOS Big Sur 11 以降では Time Machine のバックアップ先として APFS を利用できます．
外付けディスクの Time Machine と APFS
従来から Time Machine で利用する外付けのディスク (USB や Thunderbolt で接続された HDD など) は HFS+ でフォーマットされていました．システムボリュームのファイルシステムを APFSにアップデートしても，これまで通り HFS+ でフォーマットされたディスクに Time Machine を使ってバックアップできます．
しかし，現時点で Time Machine はバックアップ先の外付けディスクのフォーマットとして APFS をサポートしていません．APFS でフォーマットされたディスクをバックアップ先として指定すると，HFS+ で再フォーマットされるようです．簡単な表で対応状況をまとめます:
| バックアップ元 | バックアップ先 | サポート |
|---|---|---|
| HFS+ | HFS+ | OK |
| APFS | HFS+ | OK |
| HFS+ | APFS | NG |
| APFS | APFS | NG |
ディスクユーティリティから Time Machine 用のディスクを APFS に変換すると痛い目を見ることになるので注意しましょう．